中空玻璃的缺点是，单道密封的中空玻璃寿命短；双层玻璃内的灰尘难以清除；夏季阳光强烈的情况下会提高室内温度；中空玻璃更厚，可能会影响建筑外形。具体如下：
1、使用寿命短。单道密封的中空玻璃寿命只有5年左右，而双道密封的中空玻璃寿命可达20年甚至40年以上。而且失效的中空玻璃的使用效果还不如单层玻璃，既不能擦洗又影响美观。
2、灰尘难清理。如果双层玻璃没有很好地密封就会使灰尘、水汽很容易进入玻璃内腔，水汽遇到冷结霜，遇热结露，附着在玻璃内的灰尘难以清除，使用不久就会模糊一片。
3、夏季阳光强烈的情况下会将玻璃夹层内部的空气加热，夏季室内的温度会进一步提高，有时甚至会超过室外温度。
4、中空玻璃的外观与普通玻璃相比更厚，对于追求建筑外形的设计者来说，中空玻璃材质有可能在一定程度上影响建筑的外形。